Przywilej nadali miastu w 1233 r. Krzyżacy: wielki mistrz zakonu Herman von Salza i preceptor na Słowiańszczyznę i Prusy Herman Balk. Niestety, oryginalny akt lokacyjny Torunia spłonął. W toruńskim archiwum przechowywany jest odnowiony przywilej z 1251 r. Dokument ten, oparty na prawie magdeburskim, poza samym aktem lokacji miasta, regulował najważniejsze kwestie społeczne, gospodarcze i polityczne rozwijającego się państwa krzyżackiego. Zawierał przepisy dotyczące spraw monetarnych i celnych, wolnego targu czy dziedziczenia majątków. Co ważne, lokacja Torunia i pobliskiego Chełmna dała początek tzw. prawu chełmińskiemu, w oparciu o które w Prusach i sąsiednich krajach w ciągu ponad 500 lat założono ponad dwieście kilkadziesiąt miast.

Krzyżacy pierwotnie lokowali Toruń w rejonie tzw. Portu Drzewnego, by około 1236 roku przenieść go na obecne miejsce. Siedzibą krzyżackiej załogi w Toruniu był zamek z okazałą, ośmiokątną wieżą, z której Krzyżacy doskonale mogli kontrolować ruch statków na Wiśle. Najlepiej zachowaną do dzisiaj częścią zamku jest tzw. gdanisko (zamkowa toaleta), powstałe prawdopodobnie pod koniec XIII w. Reszta budowli pozostaje w ruinie od roku 1454 roku, kiedy to mieszczanie toruńscy zbuntowali się przeciwko krzyżackiemu panowaniu i zburzyli zamek, co dało początek tzw. wojnie trzynastoletniej.

6 marca 1454 r. król Kazimierz Jagiellończyk na wniosek poselstwa Związku Pruskiego, do którego należał Toruń i inne miasta ziemi chełmińskiej, wydał akt inkorporacji Prus do Królestwa Polskiego i wcielił Toruń do Polski. Wojna trzynastolenia, podczas której Toruń wspierał króla ogromnymi sumami pieniędzy, zakończyła się zawarciem 19 października 1466 roku II pokoju toruńskiego. W wyniku jego postanowień Toruń wraz z Prusami Królewskimi wszedł w skład Rzeczypospolitej, uzyskując w niej, podobnie jak Gdańsk i Elbląg, pozycję uprzywilejowaną.